Microscopía de luz transmitida - campo claro
Es el método de microscopía óptica más usual, ya que con su ayuda se pueden observar sencilla y rápidamente los preparados bien contrastados o teñidos (p.ej. frotis sanguíneos).

Microscopia de luz trasnmitida- campo oscuro
Se utiliza para preparados biológicos no teñidos, tales como bacterias o cultivos celulares vivos, muy a menudo no o casi no se pueden reconocer en luz transmitida - campo claro debido a su transparencia. Esto cambia decisivamente al observar tales preparados en luz transmitida - campo oscuro porque aquí la apertura de la iluminación que se utiliza para iluminar el preparado es más grande que la del objetivo empleado.
En campo oscuro solamente los rayos de luz difractados y dispersados, que son importantes para Is formación de la imagen, penetran en el objetivo, mientras que los haces de luz directos, no influenciados, pasan por delante del objetivo. Entre otras cosas, a esto se debe que hasta estructuras finas, que en parte están fuera del poder resolutivo del microscopio óptico, pueden ser resueltas, apareciendo claramente brillantes sobre un fondo oscuro.

Microscopia de luz transmitida- Contraste de fases 
El contraste de fases es el método de microscopía ideal para examinar preparados delgados y no teñidos, tales como cultivos de células. El ojo humano no está en condiciones de percibir las diferencias de fases; (diferencias de índices de refracción y diferencias de espesores) existentes entre los diferentes componentes de las células.

El método del contraste de fases utiliza los moduladores ópticos "diafragma anular de fases y anillo de fases", así como los procedimientos de interferencia en la formación de la imagen intermedia, para convertir las tenues diferencias de fases en diferencias de intensidad y color visibles por los ojos.

El canal óptico anular, definido por el diafragma anular de fases y el anillo de fases, sirve para atenuar las partes de luz intensas y directas, y ocasionar un desplazamiento de fase constante, Las partes de luz indirectas difractadas en diferentes componentes de las células, por el contrario, pasan por delante de este canal óptico y son influenciadas en cuanto a sus fases por las diferencias de los índices de refracción y espesores en el preparado,

Después de experimentar estas diferentes influencias, los rayos parciales se interfieren en el plano de la imagen intermedia y se intensifican o se atenúan según sean las posiciones de las fases. El resultado de estas interferencias son contenidos de imagen con diferencias de intensidad y color que son percibibles por el ojo humano.

Microscopia de luz transmitida-Constraste Diferencial Interferencial (DIC)
El método DIC con luz transmitida es un procedimiento de contraste alternativo a la polarización y permite la representación de detalles transparentes de los preparados con contrastes fuertes y en relieve.

La luz polarizada linealmente por un polarizador es desdoblada en dos rayos parciales por un prisma birrefringente. Estos rayos atraviesan a poca distancia dos detalles adyacentes del preparado y experimentan allí distintas diferencias de trayectorias a causa de las diferencias en el índice de refracción y el espesor del preparado. Luego, los dos rayos parciales son unidos en un segundo prisma birrefringente .y, habiendo atravesado e analizador, tienen la misma dirección de oscilación. Así, ambos rayos parciales pueden interferir entre si en la imagen intermedia, siendo convertidas las distintas diferencias de trayectorias en diferentes valores acromáticos (intensidades). Posteriormente, un compensador λ (placa lambda) convierte los valores acromáticos en colores.

Microscopia de luz reflejada- Epi-fluorescencia
Gracias a una lámpara especial, generalmente de mercurio, que se coloca en el microscopio y que actúa emitiendo una luz excitadora de los fluorocromos, con los que se tiñen las muestras a observar.
El método de la epi-fluorescencia posibilita la representación bien contrastada de estas sustancias fluorescentes en los colores típicos para la fluorescencia. En el microscopio para epi-fluorescencia, la luz generada por esta lámpara potente pasa por un filtro antitérmico para llegar al filtro excitador (pasabanda). La radiación de excitación de ondas cortas filtrada es reflejada por un separador de rayos dicromático y enfocada por el objetivo al preparado. El preparado absorbe a radiación de ondas cortas para emitir después una radiación fluorescente de ondas más largas (principio de Stoke), la cual es abarcada por el objetivo y transmitida por el separador de rayos dicromático. Finalmente, los rayos pasan por un filtro supresor (paso largo/pasabanda), el cual permite el paso sólo a la radiación de ondas largas emitida por el preparado,.
Las características espectrales de los filtros excitador y supresor tienen que adaptarse entre sí con alta precisión. Se encuentran en un módulo reflector FL P&C junto con el correspondiente separador de rayos dicromático.

Microscopía Confocal
La microscopía confocal, a diferencia de la microscopía de fluorescencia convencional, permite eliminar la señal fluorescente que proviene de una muestra semitranslúcida y que está fuera de foco, con lo cual se consiguen, de forma no destructiva, secciones ópticas a diferentes planos de la muestra. Estas secciones pueden ser utilizadas para hacer un análisis tridimensional o para la observación de una parte interna de la muestra.

La microscopía confocal produce un aumento significativo de la resolución óptica y del contraste de las
imágenes, ventajas que la convierten en una herramienta imprescindible en la obtención de imágenes de alta resolución y en estudios de colocalización. La microscopía confocal de reflexión sigue los mismos principios que la anterior, en este caso se recoge la luz reflejada por la muestra.

Las secciones ópticas obtenidas por microscopía confocal contienen la información para poder hacer posteriormente un análisis tridimensional: cuantificación volumétrica, distribución de la fluorescencia, análisis de la colocalización, etc.