Este apartado pretende ser una guía que te permitirá seleccionar el marcador fluorescente más adecuado según la estructura celular a visualizar, incluyendo información acerca de si son colorantes vitales, anticuerpos o sondas específicas. Podrás de este modo elegir la estrategia más adecuada atendiendo a tu objetivo experimental.

Para la elección final siempre recuerda que los fluoróforos deben ser compatibles con el sistema óptico y permitan evitar solapamientos con otros marcadores de interés.

Guía de marcadores fluorescentes

Marcador	Exc/Em (nm)	Permeabilidad	Notas
DAPI	358 / 461	No permeable	Alta afinidad por ADN. Uso en células fijadas, es semipermeable en célula viva. No identificador de células muertas.
TO-PRO-1	515 / 531	No permeable	Más intensidad de fluorescencia que DAPI. Muy brillantes y alto contraste. Sus cargas positivas le impiden atravesar membranas intactas: excelente marcador de muerte celular.
TO-PRO-3	642 / 661	No permeable	Más intensidad de fluorescencia que DAPI. Muy brillantes y alto contraste. No puede atravesar membranas intactas: excelente marcador de muerte celular.
YO-PRO-1	491 / 506 (verde)	No permeable	Agente intercalante. Fluorescencia intensa y bajo fondo.
YOYO-1	~491 / ~508 (verde)	No permeable	Agente intercalante. Fluorescencia intensa y bajo fondo.
YOYO-3	~612 / ~631 (rojo)	No permeable	Agente intercalante. Fluorescencia intensa y bajo fondo.
SYTOX Green	504 / 523	No permeable	Brillo similar a la serie TO-PRO.
SYTOX Blue	444 / 480	No permeable	Brillo similar a la serie TO-PRO.
SYTOX Orange	547 / 570	No permeable	Brillo similar a la serie TO-PRO.
SYTOX Red	644 / 660	No permeable	Brillo similar a la serie TO-PRO.
SYTOX Deep Red	660 / 682	No permeable	Brillo similar a la serie TO-PRO.
IP (Yoduro de Propidio)	535 / 617 (naranja/rojo)	No permeable	Clásico marcador de muerte celular.
DRAQ7	599 / 679	No permeable	Brillo comparable con las series TOPRO/SYTOX.
Hoechst 33342	350–358 / 461	Permeable	Muy usado en célula viva por su alta permeabilidad.
Hoechst 33258	352 / 461	Permeable	Menos permeable que 33342; se prefiere para limitar entrada citoplasmática.
Hoechst 34580	361 / 487	Permeable	Alta permeabilidad; tiñe preferentemente eucromatina; funciona mejor cpm célula fijada con PFA <4% que con metanol.
DRAQ5	646 / 681	Permeable	Visualización de célula viva; se suele combinar con DRAQ7. No combinar con fijadores reductores fuertes (p.e. glutaraldehído concentrado) en célula fijada.
Vybrant DyeCycle Green	488 / 500–520	Permeable	Alta permeabilidad. Alternativa verde a Hoechst en rango verde.
Vybrant DyeCycle Orange	549 / 565	Permeable	Alta permeabilidad; permite excitación en rango medio del espectro.
Vybrant DyeCycle Violet	405 / 440	Permeable	Alta permeabilidad; útil para combinar con verdes y rojos. En fijación se puede perder señal.
SiR-DNA	640 / 661	Permeable	No citotóxico; muy fotoestable; ideal para in vivo y super-resolución STED. No se recomienda con muestras fijadas, la fijación puede disminuir la fluorescencia.

Marcador	Exc/Em (nm)	Tipo de muestra	Notas
MitoTracker Green FM	490 / 516	Célula viva	Permeable; independiente de potencial de membrana. Unión a proteínas mitocondriales: marca masa mitocondrial. Se mantiene tras fijación.
MitoTracker Red CM-H2XRos	579 / 599	Célula viva	No resistente a fijación; marca especies oxidadadas (ROX). No informa de la masa ni actividad mitocondrial.
MitoTracker Red CMXRos	579 / 599	Célula viva	Dependiente de potencial; marca mitocondrias activas. Resistente a fijación.
MitoTracker Deep Red FM	644 / 665	Célula viva	No dependiente de potencial; marca masa mitocondrial. Resistente a fijación.
TMRE / TMRM / Rhodamine 123	—	Célula viva	Dependientes de potencial. Sólo para célula viva; no resistentes a fijación. Marcan mitocondrias activas.
MitoTracker Green FM	490–516	Célula fijada	Marca masa mitocondrial.
MitoTracker Red CMXRos	579 / 599	Célula fijada	Dependiente de potencial; marca mitocondrias activas. Resistente a fijación.
MitoTracker Deep Red FM	644 / 665	Célula fijada	No dependiente de potencial; marca masa mitocondrial. Resistente a fijación.
Anticuerpos anti-proteínas mitocondriales (TOM20, TOM70, COX IV, ATP5A, cytochrome c)	—	Célula fijada	Marcaje según función: morfología, masa mitocondrial o mitocondrias activas.

Marcador	Exc/Em (nm)	Tipo de muestra	Notas
ER-Tracker (Invitrogen/ Thermo)	-	Célula viva	Los ER-Tracker son moléculas pequeñas que atraviesan la membrana plasmática y se acumulan en el RE. La fijación empeora el marcaje, por lo que sólo se usan con célula viva.
ER-Tracker Green (BODIPY FL glibenclamida)	504 / 511	Célula viva	-
ER-Tracker Red (BODIPY TR)	589 / 616	Célula viva	-
ER-Red	580 / 677	Célula viva	Estable en el tiempo; ideal para experimentos de larga duración.
Anti-Calnexina	—	Célula fijada	Anticuerpo frente a proteína de RE; requiere fijación y permeabilización.
Anti-Calreticulina	—	Célula fijada	Anticuerpo frente a proteína de RE; requiere fijación y permeabilización.
Anti-PDI	—	Célula fijada	Anticuerpo frente a proteína de RE; requiere fijación y permeabilización.
Anti-BiP / GRP78	—	Célula fijada	Anticuerpo frente a proteína de RE; requiere fijación y permeabilización.
Anti-Sec61	—	Célula fijada	Anticuerpo frente a proteína de RE; requiere fijación y permeabilización.

Visores de espectros de emisión y excitación de fluorocromos

Un buen diseño experimental comienza con una selección adecuada de fluorocromos, clave para la correcta interpretación de los resultados y obtención de resultados fiables. A continuación, encontrarás enlaces de referencia que te permitirán comprobar el posible solapamiento espectral entre fluorocromos (analizador de espectros). Thermo Fisher SpectraViewer BioLegend SpectraAnalyzer Además, en estos enlaces encontrarás productos para microscopía de fluorescencia y enlaces educativos de interés Microscopy Resource Center Thermo Fisher: Fluorescencia e Inmunofluorescencia MicroscopyU Zeiss Campus