La epigenómica y la transcriptómica de las células T CD4 + de la esclerosis sistémica revelan una desregulación de largo alcance de las vías inflamatorias clave mediadas por los loci de susceptibilidad asociados a la enfermedad.
Li T, Ortiz-Fernández L, Andrés-León E, Ciudad L, Javierre BM, López-Isac E, Guillén-Del-Castillo A, Simeón-Aznar CP, Ballestar E, Martin J.
Genome Med. 2020 Sep 25;12(1):81.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31796083
RESUMEN
La esclerosis sistémica o esclerodermia es una enfermedad autoinmune genéticamente compleja mediada por la interacción entre factores genéticos y epigenéticos en una multitud de células inmunes, con los linfocitos T CD4 + como uno de los principales impulsores de la patogenia. Se realizó el análisis de los patrones de metilación y expresión génica de células T CD4 + en 48 pacientes con esclerodermia y 16 controles sanos, junto con análisis bioinformáticos para correlacionar las posiciones de CpG metiladas diferencialmente y los genes expresados de forma diferente, que posteriormente se confirmaron utilizando datos públicos de captura de promotor Hi-C. Identificamos 9112 posiciones diferencialmente metiladas y 3929 genes con una expresión alterada, que están enriquecidos en categorías funcionales relacionadas con la inflamación y la biología de las células T. Además, el análisis de correlación identificó 17.500 posibles interacciones entre patrones de metilación y datos de expresión génica, siendo 212 de ellas específicas de células T CD4 +. Finalmente, combinando datos de captura de promotor Hi-C con datos del reciente análisis del genoma completo en esclerodermia (Lopez-Isac, Nat Commun, 2019), identificamos cuatro importantes genes de susceptibilidad asociados a la esclerodermia, que potencialmente podrían interactuar con posiciones del genoma implicadas en modificaciones de metilación y expresión génica. Nuestro estudio revela un vínculo potencial entre la desregulación genética, epigenética y transcripcional en células T CD4 + de pacientes con esclerodermia, proporcionando una nueva visión integrada de los componentes moleculares que impulsan la patogénesis de la enfermedad.
La epigenómica y la transcriptómica de las células T CD4 + de la esclerosis sistémica revelan una desregulación de largo alcance de las vías inflamatorias clave mediadas por los loci de susceptibilidad asociados a la enfermedad. Genome Medicine, 09- 2020
doi: 10.1186/s13073-020-00779-6.
